なぜ、麹と大豆を入れる時に、団子状にして入れるのですか。

団子状にして丸めていれるのは、空気を抜くということです。
丸めたものをたたきつけるような感じで入れます。
※空気に触れると発酵が遅れたり、カビの原因になります。

　最近は、大きな樽で仕込む方は、少ないです。
　小さい容器に仕込む場合は、団子にするとやりにくいかもしれません。
その場合、空気が入らないよう、押し付けながら詰めてください。わざわざ団子にする必要は、ありません。味噌の中に空気が入らないようにすればいいです。